Идентифицированы узловые гены, связанные с инфильтрацией иммунными клетками при аллергическом рините

Аллергический ринит Аллергология Дайджест

Цель

Аллергический ринит (АР) относится к форме воспаления дыхательных путей, которое в основном поражает слизистую оболочку носа и придаточных пазух. Целью данного исследования было изучение уровня инфильтрации иммунных клеток и патогенеза АР.

Методы

Мы провели всесторонний анализ двух профилей экспрессии генов (GSE50223 и GSE50101, всего 30 пациентов с АР и 31 пациентов группы контроля). для оценки уровней инфильтрации иммунных клеток использовали алгоритм CIBERSORT (прим.экспертов  – CIBERSORT – это аналитический инструмент, созданный лабораториями Ализаде и Лабораторией Ньюмана для определения профилей экспрессии генов и оценки распространенности типов клеток в смешанной клеточной популяции с использованием данных об экспрессии генов). Для изучения потенциальных генов или генных модулей, связанных с иммунным статусом, был применен анализ сети взвешенной коэкспрессии генов. Анализ обогащения набора генов и анализ вариаций набора генов были выполнены для изучения потенциальных механизмов АР. Сеть белок-белковых взаимодействий была построена для исследования узловых генов, также была проведена консенсусная кластеризация для идентификации молекулярных подтипов АР.

Результаты

По сравнению с группой контроля, у пациентов с АР были высокие уровни содержания и процент CD4+ Т-клеток, активируемых памятью. Было идентифицировано сто восемь дифференциально экспрессируемых генов, связанных с иммунитетом. Анализ обогащения по функциональной принадлежности показал, что АР в основном связан с межклеточной адгезией лейкоцитов, взаимодействием цитокин-цитокиновых рецепторов, активацией Т-клеток и сигнальным путем рецепторов Т-клеток. Десять узловых генов, включая TYROBP, CSF1R, TLR8, FCER1G, SPI1, ITGAM, CYBB, FCGR2A, CCR1 и HCK, которые связаны с иммунным ответом, имеют решающее значение для патогенеза АР. Были идентифицированы три молекулярных подтипа АР со значительно различающимися иммунными статусами.

 

Сети белково-белковых взаимодействий PPI

Сети белково-белковых взаимодействий PPI (А). Узловые гены сетей PPI (B). PPI, белок-белковое взаимодействие.

Заключение

Наш анализ выявил детали инфильтрации иммунных клеток при АР и его подтипах, а также определил связанные биологические пути и узловые гены, участвующие в развитии АР с помощью комплексных стратегий. Объединяя наше исследование с предыдущими исследованиями, гены-концентраторы в AР могут служить диагностическими биомаркерами или терапевтическими мишенями.


Цитирование

Li, H., Huang, S. E., Geng, C. L., Wu, Y. X., Shi, M. H., & Wang, M. (2023). Comprehensive analysis reveals hub genes associated with immune cell infiltration in allergic rhinitis. World Journal of Otorhinolaryngology‐Head and Neck Surgery.


Источник

Полный текст статьи


Больше информации по теме

  1. Гафурова РР, Файзуллина РМ, Шангареева ЗА, Данилко КВ. Оценка связи полиморфизма гена низкоаффинного рецептора к IgE — FcεRII (RS 28364072 (Т2206С)) с клинико-анамнестическими данными бронхиальной астмы у детей. Аллергология и иммунология в педиатрии. 2022; 2: 36-37. https://doi.org/10.53529/2500-1175-2022-2-36-37 Читать подробнее на сайте журнала