Цель
Аллергический ринит (АР) относится к форме воспаления дыхательных путей, которое в основном поражает слизистую оболочку носа и придаточных пазух. Целью данного исследования было изучение уровня инфильтрации иммунных клеток и патогенеза АР.
Методы
Мы провели всесторонний анализ двух профилей экспрессии генов (GSE50223 и GSE50101, всего 30 пациентов с АР и 31 пациентов группы контроля). для оценки уровней инфильтрации иммунных клеток использовали алгоритм CIBERSORT (прим.экспертов – CIBERSORT – это аналитический инструмент, созданный лабораториями Ализаде и Лабораторией Ньюмана для определения профилей экспрессии генов и оценки распространенности типов клеток в смешанной клеточной популяции с использованием данных об экспрессии генов). Для изучения потенциальных генов или генных модулей, связанных с иммунным статусом, был применен анализ сети взвешенной коэкспрессии генов. Анализ обогащения набора генов и анализ вариаций набора генов были выполнены для изучения потенциальных механизмов АР. Сеть белок-белковых взаимодействий была построена для исследования узловых генов, также была проведена консенсусная кластеризация для идентификации молекулярных подтипов АР.
Результаты
По сравнению с группой контроля, у пациентов с АР были высокие уровни содержания и процент CD4+ Т-клеток, активируемых памятью. Было идентифицировано сто восемь дифференциально экспрессируемых генов, связанных с иммунитетом. Анализ обогащения по функциональной принадлежности показал, что АР в основном связан с межклеточной адгезией лейкоцитов, взаимодействием цитокин-цитокиновых рецепторов, активацией Т-клеток и сигнальным путем рецепторов Т-клеток. Десять узловых генов, включая TYROBP, CSF1R, TLR8, FCER1G, SPI1, ITGAM, CYBB, FCGR2A, CCR1 и HCK, которые связаны с иммунным ответом, имеют решающее значение для патогенеза АР. Были идентифицированы три молекулярных подтипа АР со значительно различающимися иммунными статусами.
Сети белково-белковых взаимодействий PPI (А). Узловые гены сетей PPI (B). PPI, белок-белковое взаимодействие.
Заключение
Наш анализ выявил детали инфильтрации иммунных клеток при АР и его подтипах, а также определил связанные биологические пути и узловые гены, участвующие в развитии АР с помощью комплексных стратегий. Объединяя наше исследование с предыдущими исследованиями, гены-концентраторы в AР могут служить диагностическими биомаркерами или терапевтическими мишенями.
Цитирование
Li, H., Huang, S. E., Geng, C. L., Wu, Y. X., Shi, M. H., & Wang, M. (2023). Comprehensive analysis reveals hub genes associated with immune cell infiltration in allergic rhinitis. World Journal of Otorhinolaryngology‐Head and Neck Surgery.
Источник
Больше информации по теме
- Гафурова РР, Файзуллина РМ, Шангареева ЗА, Данилко КВ. Оценка связи полиморфизма гена низкоаффинного рецептора к IgE — FcεRII (RS 28364072 (Т2206С)) с клинико-анамнестическими данными бронхиальной астмы у детей. Аллергология и иммунология в педиатрии. 2022; 2: 36-37. https://doi.org/10.53529/2500-1175-2022-2-36-37 Читать подробнее на сайте журнала